เมื่อปี 2520 กรมชลประทานตั้งหน่วยงาน งานโครงการชลประทานขนาดเล็กในเขตสำนักงานชลประทานที่ 5 โดยให้อยู่ในความควบคุมดูแล และดำเนินการโดยสำนักงานชลประทานที่ 5 ต่อมา เมื่อปี 2528 ได้รับการยกฐานะจากโครงการชลประทานขนาดเล็ก เป็นฝ่ายก่อสร้างโครงการชลประทานขนาดเล็กที่ 5 สังกัดกองก่อสร้างโครงการย่อย โดยมีเขตความรับผิดชอบ 8 จังหวัด คือ จังหวัดอุบลราชธานี ยโสธร ร้อยเอ็ด กาฬสินธุ์ สกลนคร นครพนม มุกดาหาร และอำนาจเจริญ

และเมื่อปี 2533 ได้ย้ายมาอยู่ที่อาคารทำการชั่วคราว บ้านหนองก่าน ตำบลหัวเรือ อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี ซึ่งมีพื้นที่ 70 ไร่ ต่อมาขอขยายพื้นที่ของโครงการเพิ่มจากเดิมอีกประมาณ 50 ไร่ รวมเป็นพื้นที่ประมาณ 120 ไร่ เพื่อใช้เป็นสถานที่ก่อสร้างที่ทำการถาวร พร้อมทั้งอาคารบ้านพัก ได้ทำพิธีเปิดที่ทำการถาวร เมื่อวันที่ 22 กันยายน 2540 โดยท่านอธิบดีกรมชลประทาน

ในปี พ.ศ. 2545 ตามพระราชกฤษฎีกา การโอนกิจการบริหาร และอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 มาตรา 42(2) ได้กำหนดให้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 25 สำนัก 6 กอง โดยให้โครงการก่อสร้าง 1 – 6 กองพัฒนาแหล่งน้ำ 1 – 5 มาสังกัดสำนักชลประทานที่ 1 – 16 แบ่งพื้นที่ความรับผิดชอบใหม่ โดยโครงการก่อสร้าง 5 กองพัฒนาแหล่งน้ำ 2 ถูกเปลี่ยนมาเป็นโครงการก่อสร้าง 1 สำนักชลประทานที่ 7

เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2554 กรมชลประทานได้มีคำสั่ง เรื่อง การแบ่งงานและหน้าที่ความรับผิดชอบของกองพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง (เป็นการภายใน) โดยแบ่ง ขอบเขตตามความรับผิดชอบใหม่เป็น สำนักงานก่อสร้าง 1-33 โดยโครงการก่อสร้าง 1 สำนักชลประทานที่ 7 ถูกเปลี่ยนเป็น สำนักงานก่อสร้าง 13 สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง รับผิดชอบงานชลประทานขนาดกลาง ขนาดเล็ก ในเขต 3 จังหวัด คือ อุบลราชธานี อำนาจเจริญ และยโสธร